Việc đo đếm đặc điểm, tính trạng mẫu vật, đối tượng thường được thực hiện trong các nghiên cứu về thực vật. Tuy nhiên các phép đo thủ công thường tốn nhiều thời gian và dễ xảy ra sai sót do thao tác của người thực hiện. Để khắc phục điều này, đầu năm nay, Tiago Olivoto đã giới thiệu đến cộng đồng khoa học gói lệnh mang tên Pliman.

Đây là một tập hợp các lệnh trong phần mềm R, nó được thiết kế để tiến hành phân tích hàng loạt hình ảnh thực vật. Gói này sẽ giúp các nhà nghiên cứu (a) thao tác, phân đoạn và tính toán các chỉ số hình ảnh dựa trên các dải màu của hình ảnh Đỏ, Xanh lá, Xanh dương, Red-Edge và Cận hồng ngoại; (b) đo diện tích và hình dạng lá; (c) định lượng mức độ nghiêm trọng của bệnh thực vật; (d) đếm và trích xuất các đặc điểm (ví dụ: diện tích, chu vi, bán kính, độ tuần hoàn và độ lệch tâm) của các đối tượng như các hạt đậu, lá, vỏ quả, phấn hoa và tế bào; và (e) tính toán các chỉ số RGB cho mỗi đối tượng trong một hình ảnh.

Minh họa việc đo diện tích lá

Minh họa việc đếm số lượng hạt trên ảnh chụp

Minh họa việc xác định vùng bị bệnh của lá qua hình ảnh

Đây là một công cụ hoàn toàn miễn phí, giúp các nhà nghiên cứu tiết kiệm được rất nhiều thời gian vì nó có thể phân tích, xử lý hàng nghìn tấm ảnh một cách tự động và chính xác chỉ với vài dòng lệnh. Để tải về gói lệnh chúng ta có thể nhập lệnh cài đặt từ phần mềm R như sau: install.packages("pliman")

Thông tin chi tiết kèm hướng dẫn sử dụng đã được tác giả công bố trên tạp chí Methods in Ecology and Evolution số 13 vào 01/2022 với tiêu đề: Lights, camera, pliman! An R package for plant image analysis. Độc giả có thể tiếp cận miễn phí bài báo tại địa chỉ: https://doi.org/10.1111/2041-210X.13803.

Xuân Bách / SIE

Tổ chức cộng tác
  • Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
  • Chương trình trao đổi Lâm sản ngoài gỗ Việt Nam
  • Viện Khoa học Vật liệu Ứng dụng
Giới thiệu theo yêu cầu
  • Bảo vệ động vật hoang dã
  • Hành động vì môi trường
  • Tổ chức vì môi trường thế giới