Bảo tàng thực vật Sài Gòn được thành lập vào Tháng 12 năm 2012 với mã ký quốc tế: SGN. Bảo tàng được quản lý bởi viện Viện Sinh Thái Học Miền Nam (Viện Hàn Lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam).